thực hiện theo từng phần của kế hoạch, Năm chiếc tàu ngầm lớn đợi ở ngoài khơi Port Hacking chờ những chiếc tàu ngầm loại nhỏ trở về vào đêm 1 và 2 tháng sáu. FRUMEL đã bắt được tín hiệu tín hiệu điện đài giữa năm chiếc tàu ngầm này, RAAF đã cử ba tàu đi đến Lockheed Hudsons và hai đến Bristol Beauforts để tìm nguồn phát ra các tín hiệu vô tuyến này. Nhưng họ đã thất bại trong việc tìm kiếm. Vào ngày 3 tháng 06 Sasaki từ bỏ hi vọng có thể thu lại các tàu ngầm loại nhỏ (cũng có thể do các thủy thủ đã trở về đến điểm tập kết trên thuyền cao su) và các chiếc tàu ngầm này phân tán ra để thực hiện nhiệm vụ thứ hai mà chúng đã được giao trước đó.

Tấn công tàu buôn của quân Đồng Minh

Bốn tàu ngầm đã bắt đầu các hoạt động chống lại các tàu của quân Đồng Minh. Chiếc I-21 tuần tra ở phía Bắc Sydney. Chiếc I-27 tìm kiếm các tàu ngoài khơi đảo Gabo và chiếc I-29 thì lên đường đến Brisbane. Chiếc I-22 rời khỏi nhóm để bắt đầu chuyến trinh sát đầu tiên là đến Wellington và Auckland ở New Zealand, sau đó đến Suva ở quần đảo Fiji.

Vào khoảng ngày 1 đến 25 tháng 6, khi cả bốn chiếc tàu ngầm tập trung đến đảo san hô Kwajalein tại quần đảo Marshall để nhận tiếp tế trước khi trở về cảng đóng tàu để sửa chữa thì chúng đã tấn công ít nhất bảy đội tàu buôn của quân Đồng Minh. Ít nhất 3 chiếc trong số đó bị đánh chìm, chiếc I-24 đánh chìm Iron Chieftain vào ngày 3, chiếc I-27 đánh chìm Iron Crown và chiếc I-21 đánh chìm Guatemala vào ngày 12. Hai cuộc tấn công trước đã lần lượt làm chết 12 và 37 người còn cuộc tấn công thứ ba không gây thiệt hại về người. Các cuốc tấn công được thực hiện nhằm thẳng vào con đường giao thương và tiếp tế cho Úc đã buộc chính phủ Úc phải cho thay đổi lộ trình; việc di chuyển của các tàu buôn và vận chuyển lên phía Bắc của Melbourne bị hạn chế đợi cho đến khi một hệ thống tàu hộ tống đông đảo được thành lập.

Chiếc I-21 là chiếc duy nhất trở về vùng biển Úc nơi nó đã đánh chìm thêm ba tàu và làm hư hại hai tàu khác trong tháng 1 và tháng 2 năm 1943. Trong cả hai lần thực hiện nhiệm vụ, nó đã đánh chìm 44.000 tấn hàng hóa và tàu bè của quâm Đồng Minh điều này khiến nó trở thành chiếc tàu ngầm thành công nhất trong các hoạt động của phe Trục trên vùng biển nước Úc trong Chiến tranh thế giới thứ hai..

Pháo kích Sidney và Newcastle

Vào sáng ngày 8 tháng 6, hai tàu ngầm I-24 và I-21 đã pháo kích vào Sydney và Newcastle. Khi vừa quá nửa đêm, chiếc I-24 đã nổi lên cách ngọn hải đăng Macquarie 16 km về phía Nam-Đông-Nam, chỉ huy của nó đã ra lệnh cho nhóm pháo thủ bắn vào cầu Sydney. Họ đã bắn 10 viên trong bốn phút sau đó, chín viên đâm xuống ngoại ô phía Đông và một viên rơi xuống nước.[71] Chiếc I-24 sau đó đã lặn sâu xuống nước để tránh sự phản pháo từ các khẩu pháo phòng thủ bờ biển.[72] Tuy nhiên chỉ có một viên phát nổ, viên khác làm bị thương một người do đâm vào một tòa nhà khiến cho gạch rơi xuống hoặc do làm bể kính tuy nhiên viên đạn này đã không nổ.[73] Phi công của Không lực Hoa Kỳ, trung úy George Cantello đã cất cánh từ sân bay Bankstown với nhiệm vụ phản công tuy nhiên đã thiệt mạng do chiếc máy bay loại Airacobra của ông gặp vấn đề về động cơ và đâm vào một chuồng gia súc ở Hammondville.[74] Vào năm 1988, sau những nỗ lực của người dân địa phương và lãnh sự quán Hoa Kỳ tại Sydney, Hammondville đã lập một công viên tưởng niệm để tưởng nhớ ông.[74]

Vào lúc 2 giờ 15 phút sáng, chiếc I-21 đã nã pháo vào Newcastle từ khoảng cách 9 km (5,6 mi) phía Đông-Bắc bãi biển Stockton.[75] Nó đã bắn 34 quả đạn trong 16 phút tính luôn 8 quả pháo sáng. Và cũng như chiếc I-24, chỉ có một viên phát nổ ngay giữa một công viên không có người. Do đó không có thiệt hại về người mà chỉ có một số ngôi nhà bị hư hại nhẹ.[76] Pháo đài Scratchley đã có bắn trả - lần duy nhất trong cuộc chiến mà hệ thống phòng thủ trên bờ của người Úc nã pháo vào chiến hạm đối phương - tuy nhiên chiếc I-21 đã rời đi mà không hề hấn gì.[76][77]